FLACSO ofrece un conjunto de proyectos docentes en temas contemporáneos necesarios para el desarrollo del Ecuador y del resto de países andinos. Su propósito es mantener estándares de excelencia en la enseñanza de posgrado y vincular a la Sede en la discusión y procesamiento de los temas urgentes del Ecuador y la región andina. Para los/as estudiantes, el programa abre importantes desarrollos profesionales tanto en el campo académico como investigativo.

La Maestría forma profesionales que se especializan en el conocimiento de una disciplina o temática específica de las Ciencias Sociales. Asimismo, forma profesionales con capacidad para aplicar sus conocimientos para el logro de objetivos concretos. La Maestría tiene una duración de 22 meses: el primer año corresponde al cursado de materias y el segundo año se enfoca en la elaboración y presentación de tesis.